La escuela ahora Facultad de Odontología, fue fundada el 26 de Julio de 1974, e inicia actividades académicas el 19 de Septiembre del mismo año, de acuerdo a la necesidad sentida de la población del Estado de Oaxaca para atender la problemática de salud bucodental, misma que se reflejaba en la alta incidencia de patologías pulpares y periodontales que condicionaba la pérdida de los órganos dentarios aunado a la falta de profesionales capacitados para tal fin.

Debido a la demanda y a la falta de oferta de la carrera de Odontología, la escuela de Odontología en sus principios surge como una Coordinación de la escuela de Medicina y Cirugía de la UABJO, para que en 1975 se independice y se establezca como escuela propia en instalaciones anexas a la escuela de Medicina.

Se inicia con una modificación del plan de estudios de la Universidad Nacional Autónoma de México, el cual era de ocho semestres y un año de servicio social obligatorio para la licenciatura. Para 1991 se establecen las Especialidades en Endodoncia y Odontopediatría. En 1993 se crea la Unidad de Investigación Servicio y Enseñanza en Odontología Comunitaria (UISEOC), respondiendo a un requerimiento de la marginación de las comunidades rurales necesitadas de servicio odontológico diseñado especialmente para ellos.

En 1996 se cambia el plan de estudios de la licenciatura y se implanta un nuevo mapa curricular aprobado por el H. Consejo Universitario el día 6 de Septiembre de 1996, cambiando el plan semestral por anual y se incrementa un año más a la currícula. Para 1997 se establece la Maestría en Nutrición de Comunidad, la cual se diseña para establecer programas de apoyo a las comunidades indígenas de nuestro estado. La cual posteriormente fue otorgada a formar parte de la facultad de medicina.

La historia del currículo es conocida por los funcionarios y el personal académico gracias al documento existente de la historia de la Facultad, el cual en forma descriptiva narra la historia de las causas y motivos que dieron pie al establecimiento de este currículo.